En los últimos años han aparecido una cantidad importante de herramientas de gestión de referencias.Entre las herramientas de más reciente aparición están los denominados gestores de referencias sociales, más orientados a aspectos relacionados con la web como  lugar de trabajo preeminente de los investigadores, según un estudio de JISC el 90% de los investigadores inician el proceso de documentación para una investigación en la web, estás herramientas facilitan la compilación de información desde el navegador, generalmente insertando un botón que permite arrastrar todos los metadatos asociados a un documento para generar un registro bibliográfico detallado con todos sus elementos y componentes: autor, titulo, fuente, detalles de la publicación como el volumen, número o año de publicación de una revista, o el área de edición de un libro, además de las materias o etiquetas que caracterizan el contenido, la dirección URL para acceder al documento, y el resumen o abstract del contenido. Pero además estas herramientas se orientan hacia algunos de los aspectos más relevantes de la investigación del siglo XXI, la colaboración, la cooperación y la visibilidad de la información científica. Por lo que la elección del gestor de referencias adecuado a los intereses concretos del usuario o investigador va a tener una incidencia en los resultados finales y en cierta manera en el impacto de una investigación. Por lo que será de vital importancia tomar una decisión bien informada sobre que gestor de referencias elegimos.

En la tabla proporcionada por  Martin Fenner, Kaja Scheliga & Sönke Bartling se hace una comparativa entre algunas de las más destacadas herramientas: Zotero, Endote, Mendeley, CiteUlike, Jabret, RefWorks y Papers (Springer Science + Business). Algunas de ellas están entre las herramientas más utilizadas por los investigadores según el estudio llevado a cabo por la la universidad de Utrecht, los programas de gestión de referencias bibliográficas para documentarse, generar citas y mantener la bibliografía personal, la herramienta más utilizada es Medeley en el 41% de los casos, seguida de EndNote la herramienta clásica de Thompson Reuters que aún utilizan el 41% de los investigadores, a continuación estaría Zotero utilizada por un 31% de los investigadores, y  Refworks en un 17%.